Existe una opción para mostrar una casilla de verificación "Únete a nuestro programa de afiliados" en la caja de la tienda al crear un pedido, para usuarios no afiliados.

Sólo se mostrará si el usuario no tiene ya asignado un cupón de afiliado. También debe haber iniciado sesión o tener marcada la casilla "¿Crear una cuenta?" para que se muestre.
Aquí puedes ver los ajustes:

Estos ajustes se encuentran en la pestaña "Registro" de la página de configuración del plugin, cuando los registros están activados.